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La fœtopathie alcoolique est caractérisée par des malformations qui concernent principalement le massif crânio-facial, le cœur, et dans une moindre mesure, le tractus urinaire ou le squelette des membres. Les progrès des connaissances sur le développement précoce des mammifères (dont l'homme) ont permis de situer le déterminisme de ces anomalies lors de la période embryonnaire (deux premiers mois de la vie intra-utérine), ce qui a été confirmé par les expériences de tératogenèse in vivo et in vitro, sur divers modèles animaux. On sait maintenant que l'alcool consommé par la femme enceinte agit sur l'embryon humain en provoquant l'apoptose des cellules les plus sensibles, en particulier celles des centres inducteurs de la tête, les cellules sources des tissus crânio- faciaux et du cœur, ou en modifiant l'expression des « gènes-maîtres » du développement de certains organes (yeux, dents...). Et c'est dès ce stade embryonnaire mais aussi au-delà, pendant toute la période fœtale, que par perturbation de l'histogenèse cérébrale, se déterminent les manifestations neurologiques du SAF. Les données embryologiques dont on dispose, même si elles sont cohérentes et convaincantes demeurent cependant parcellaires, et beaucoup reste encore à faire pour préciser les mécanismes de l'effet délétère de l'alcool sur l'embryon humain.